Михаил Павлович Шишкин появился на свет в семье подводника-моряка, участника ВОВ и учительницы. Дедушка по отцовской линии подвергался репрессиям и умер. Мама была парторгом в школе, когда произошёл скандал в школе с тогдашним учеником Владимиром Буковским, ей удалось сохранить работу, потому что она тогда была в декретном отпуске. Ещё до рождения Миши семья распалась, 1-е годы жизни будущий писатель провёл в московской подвальной коммуналке в Староконюшенном переулке.
На протяжении какого-то времени работал дворником, укладчиком асфальта. Закончил германо-романское отделение МГПИ. 3 года работал в журнале «Ровесник», переводил с немецкого, писал про искусство. Потом десять лет преподавателем в школе с физико-математическим уклоном №444 Москвы, где учил английскому и немецкому языку.
Михаил Шишкин 2 раза был женат, оба раза брак длился 7 лет. 1-я супруга русская – Ирина, 2-я – швейцарка Франческа Штёклин, славистка по профессии, её посвящена книга «Взятие Измаила». С рождения сына Кости в 1995 г. автор живёт в Швейцарии, в Цюрихе.
Михаил Шишкин увлекается снукером.
Печатается с 1993 г. написал романы «Взятие Измаила», «Письмовник», «Всех ожидает одна ночь», «Венерин волос», исторически-литературного путеводителя «Русская Швейцария». Шишкин написал книгу на немецком языке эссеистики «Монтрё—Миссолунги—Астапово: По следам Байрона и Толстого»; после того, как в 2005 году данная книга вышла на французском языке, её наградили во Франции премией за лучшую иностранную книгу года.