Примерно в 1400 году до н. э. фараон Аменхотеп III маркировал папирусы из собственной библиотеки с помощью специальных фаянсовых печатей, которые сегодня хранятся в коллекциях Лувра и Британского музея. В средневековой Европе рукописные книги, которые постепенно накапливались в монастырских, а впоследствии и частных библиотеках, начали подписывать ради символической привязки к месту хранения. Известно, что французский король Карл V в 1367 г. лично инвентаризировал собственные манускрипты, обозначив на каждом «Эта книга моя. Карл».
Кажется, в том, что подобные надписи могут реально обезопасить книгу, уже тогда верили мало — с распространением публичного доступа к библиотечным коллекциям изобрели более надежный способ книгохранения — тома крепились цепями просто стеллажей. Но тема получила продолжение: охранные надписи со временем дополнились графическим изображением и подписью «из книг…», «из библиотеки…» того или другого господина. Причиной роста популярности экслибрисов было в частности желание человека выявить, зафиксировать право собственности на ценные вещи, тем самым подтверждая собственную идентичность как коллекционера, хранителя, мецената.
В Германии издавна существовала традиция подобного именного маркировки ценностей, поэтому естественно, что первым известным европейским экслибрисом был знак коллекции книг брата Гильдебранда Бранденбурга с немецкого города Биберах. На нем изображен ангел с гербом владельца в руках — типичная тогдашняя символика. Отпечатки на этих книжках наносились методом ксилографии (гравюра на дереве) и обрисовывались вручную. Свое собрание брат Гильдебрандт 1480 г. завещал монастырю, таким образом обеспечив своим книгам сохранения, а себе — место в истории.
Итак, родиной европейского экслибриса считается Германия, хотя уже с начала XVI в. находим первые его образцы во Франции, Нидерландах, Италии, Португалии, Чехии и Польши — закрепление традиции книжного маркировки совпадает с распространением книгопечатания и техники гравюры. При этом сложилась традиция крепить печатный экслибрис (или просто отжимать его) на внутренней стороне обложки (откуда его было труднее оторвать, на повредив именно издание).